鳳邑福德宮前身叫「福德祠」，位於東福橋東側，也就是鳳山溪以東的「過溝仔街」，為當時鳳山縣治往屏東和大寮的必經之地。據該廟中壁碑文指出，該福德祠創建於乾隆四十二年（1777），而鳳山縣新城縣治於乾隆五十三年才移來「下陂頭街」，比設縣治還早十一年，為鳳山之唯一土地公廟。
福德宮初建時，其祠面積約僅1公尺見方的小廟，因歷次改建不復存在，現有廟基得力於善心人士慨捐土地20餘坪，民國77年時重新擴建，並改「祠」為「宮」，現今廟貌大方莊嚴，內部金碧輝煌，香火更加鼎盛。
本廟不但歷史悠久，更與鳳山市區發展息息相關，地方信徒咸信福德宮是鳳山地區最古老的土地公廟，也相當靈驗。各角頭的土地公，尊奉「鳳邑福德宮」為龍頭，凡有廟會陣頭巡境，均由「鳳邑福德宮」做陣頭前導，已成慣例。