鳳山原為縣之名稱。清領時期，將明鄭時代之萬年州，劃為台灣，鳳山二縣。鳳山即本縣之舊名，時設治於興隆莊埤子頭（今左營），本區當時名曰埤頭，行政區域屬於鳳山縣大竹里管轄。清乾隆51年(西元1786年)林爽文事變，本縣縣民莊大田兄弟起兵響應，攻陷埤子頭縣城，及至事平，於清乾隆53年(西元1788年)將鳳山縣治移置埤頭，而本區原名之埤頭，漸被鳳山所取代，古代有一傳說，鳳山昔年有石忽自開，內有讖云：「鳳山一片石，堪容百萬人，五百年後，閩人居之」事載鳳山縣志。至於福建通志對鳳山亦有類似之記載：「佃民墾田，得石碣，內鑴『山明水秀，閩人居之』八字。」
鳳山之命名，因小港鄉鳳鼻頭附近有一山，名曰鳳山，山勢如飛鳳張翼，縣名取義於此，亦因地命名之意。本區之名鳳山，乃沿襲 縣之舊名。區內實無此山也。日治時代本區稱鳳山街役場，屬高雄州鳳山郡役所管轄。昭和14年(西元1939年)二次大戰爆發，日軍以鳳山做為南侵基地，西元1945年8月15日，日本無條件投降。根據「台灣省鄉鎮組織規程」，廢鳳山街役場改鳳山鎮公所，屬高雄縣政府管轄，為縣治所在地。民國59年 (西元1970年)9月，本區人口超過十萬，而各項建設亦均符合設立縣轄市條件，民國61年(西元1972年)3月屬奉內政部核准改制為縣轄市，自民國61年(西元1972年)7月1日起正式改稱為高雄縣鳳山市公所，民國99年(西元2010年)12月25日高雄縣市合併，正式改制為高雄市鳳山區公所。